وولد الإمام الحسين في السنة الرابعة للهجرة، وذكرت الأحاديث أنه لما ولد الحسين جيء به إلى النبي عليه السلام وأذن في أذنيه بالصلاة، وعق عنه بكبش، ورغب أبوه علي بن أبي طالب أن يسميه حربًا إلا أن الرسول اختار له الحسين وشقيقه من قبل الحسن. تسمية المسجد وسمي المسجد بهذا الاسم نظرًا لوجود رأس الإمام الحسين مدفونًا به، بعدما خاف حاكم مصر الخليفة الفاطمي على الرأس الشريف من الأذى الذي قد يلحق بها في مكانها الأول في مدينة عسقلان بفلسطين، فأرسل يطلب قدوم الرأس إلى مصر، وحمل الرأس الشريف إلى مصر، ودفن في مكانه الحالي وأقيم المسجد عليه. وبني المسجد في عهد الفاطميين سنة 549 هجرية الموافق لسنة 1154 ميلادية، تحت إشراف الوزير الصالح طلائع ويضم المسجد 3 أبواب مبنية بالرخام الأبيض تطل على خان الخليلي، وبابًا آخر بجوار القبة ويعرف بالباب الأخضر.